卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，则形成了子宫内膜异位症。卵巢发生了子宫内膜种植后，除卵巢表面及其皮层中可出现紫褐色斑点和小泡外，在卵巢内的异位组织还可因为在月经期中反复出血而又不能排出，从而形成单个或多个的囊肿，即子宫内膜异位囊肿。由于囊肿内含有陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，酷似溶化的巧克力，故一般都将其称为“巧克力囊肿”。
受卵巢激素的影响，囊肿中的异位子宫内膜组织也发生周期性的出血，如此反复，囊腔内的压力过高，囊壁可出现小裂隙并有微量的血液渗出，但裂隙随即被渗出物引起的腹膜局部炎症反应和组织纤维化所愈合，久之与周围的肠管、子宫及子宫旁组织紧密粘连，使囊肿固定在盆腔内，不能活动。因此与周围组织紧紧粘连在一起是巧克力囊肿的特点之一。
巧克力囊肿的临床表现有哪些呢：1.痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆。2.性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的这个症状并不是十分的明显。3.不孕，在不孕的女性中，子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例。
子宫内膜异位症是一种良性疾病，但却具有恶性行为。迄今为止，除根治性手术外，尚无一种理想的根治方法。无论是药物治疗或保守性乎术均有相当高的复发率。因此，应根据患者年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求等加以选择，强调个体化治疗。
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